سرآغاز شکل‌گیری مرکز شتابدهی و زیست بوم نوآوری خیام با ایده تجاری سازی دانش به سال 1387 با مشارکت موسس این مرکز در ایجاد شرکتی در مرکز رشد داتشگاه فردوسی مشهد باز می‌‌گردد.
در ادامه تجارب حاصل از فعالیت‌های کارگروهی و تعامل با جامعه صنعتی منجربه ایجاد شرکتی در سال 1393 به نام زیست اقتصاد خیام در فضایی به وسعت 50 متر مربع و به تدریج مراکز وابسته به این شرکت تحت عنوان سایت 1، سایت 2، سایت 3، چندین مرکز کارگاهی، کشاورزی و مرکزی با نام مدیریت دانش در دانشگاه فردوسی مشهد با مشارکت و فعالیت بیش از 100 دانش‌آموخته و دانشجوی تحصیلات تکمیلی شد.
لذا با هدف تجمیع ارکان تجاری سازی دانش زیر یک سقف مرکز شتابدهی و زیست بوم نوآوری خیام در اسفندماه سال 1398 افتتاح شد.